Omicron probablemente estuvo presente en las aguas residuales de la ciudad de Nueva York más de una semana antes de que se detectara el primer caso de la nueva variante en los Estados Unidos, según un nuevo informe de los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades e investigadores de todo el país.
Las muestras sugieren que alguien en la ciudad de Nueva York pudo haber tenido la variante Omicron el 21 de noviembre, cuatro días antes de que los científicos sudafricanos anunciaran por primera vez casos de la variante y diez días antes de que se informara el primer caso en EE. UU. Investigadores en California y Texas también encontraron evidencia de Omicron en muestras de aguas residuales de finales de noviembre.
Los hallazgos sugieren que, en ese momento, la variante Omicron estaba más extendida en los Estados Unidos de lo que indicarían los datos del caso por sí solos, y proporcionan más evidencia de que la vigilancia de las aguas residuales puede servir como un sistema de alerta temprana sobre la propagación de nuevas variantes.
“Al principio no estaba claro si esta variante iba a llegar a los Estados Unidos”, dijo Alexandria Boehm, ingeniera ambiental de Stanford y autora del artículo. “Las aguas residuales respondieron esa pregunta mucho antes que las muestras clínicas, y la respuesta fue sí”.
La investigación no proporciona evidencia concluyente de que Omicron estuviera presente en estas ciudades. El virus presente en las aguas residuales está fragmentado y, aunque los investigadores detectaron muchas de las mutaciones reveladoras de Omicron, los hallazgos no prueban que todas estuvieran presentes en el mismo genoma.
Aún así, los resultados son muy sugerentes y son consistentes con lo que los científicos han aprendido sobre la rapidez con la que Omicron se propaga y dónde es probable que aparezca primero, dijo Amy Kirby, líder del programa del Sistema Nacional de Vigilancia de Aguas Residuales de los CDC y autora del papel.
“No creo que nadie se sorprenda al ver aparecer una nueva variante en una ciudad importante como Nueva York primero”, dijo.
Un equipo de científicos de varias instituciones — John Dennehy en Queens College, Monica Trujillo en Queensborough Community College, Davida Smyth en Texas A&M University y Marc Johnson en University of Missouri han estado rastreando el coronavirus en las aguas residuales de la ciudad de Nueva York desde el verano de 2020. El equipo generalmente recolecta muestras semanalmente. y luego secuencia el virus que encuentran.
Los científicos recolectaron una de sus muestras de rutina el 21 de noviembre y la enviaron para su secuenciación dos días después. Para cuando obtuvieron los resultados, a principios de diciembre, las noticias de Omicron habían aparecido y “reconocieron de inmediato” las distintas mutaciones de la nueva variante, dijo el Dr. Dennehy.
El equipo del Dr. Boehm adoptó un enfoque diferente en California, utilizando pruebas de PCR capaces de detectar algunas de las mutaciones específicas de Omicron. Obtuvieron su primer resultado el 26 de noviembre, a partir de una muestra recolectada en Merced el día anterior, dijo el Dr. Boehm. Obtuvieron otro en una muestra recolectada en Sacramento el 30 de noviembre.
El primer caso confirmado de Omicron en los EE. UU. se anunció el 1 de diciembre.
“Tenemos un tiempo de respuesta muy rápido y un muestreo muy frecuente”, dijo el Dr. Boehm. Agregó: “Esto solo brinda información mucho antes que la secuenciación clínica”.