Solo 184 genomas secuenciados en julio.
La segunda ola aún no ha terminado y hay indicios de que una tercera ola puede estar a la vuelta de la esquina, pero los esfuerzos de la India para secuenciar genomas para rastrear variantes emergentes se desplomaron después de abril.
Los datos del Consorcio Nacional del Genoma del SARS-CoV-2 (INSACOG), una red de 28 laboratorios en todo el país equipados para secuenciar genomas del coronavirus para variantes emergentes, muestran que en julio, solo se secuenciaron 184 genomas. En junio, se secuenciaron 4.381 muestras, lo que en sí mismo es un marcado descenso desde mayo (13.142 muestras) y abril (15.546 muestras). Los últimos dos meses fueron cuando India cargó con la peor parte de la segunda ola que vio crecer los casos diarios hasta 400.000.
Al 30 de julio, el INSACOG había secuenciado 58,240 genomas, de los cuales se habían analizado 46,124 muestras y sus linajes (historia variante) comprobados y enviados al Centro Nacional para el Control de Enfermedades (NCDC), según la respuesta a una pregunta en el Lok Sabha. .
Sin embargo, los datos de INSACOG visibles en un sitio web mantenido por el Instituto de Genómica y Biología Integrativa del Consejo de Investigación Científica e Industrial, uno de los laboratorios clave de INSACOG, muestran que 49,770 genomas han sido analizados y asignados a 232 linajes. Estos números incluyen genomas secuenciados por Kerala y Maharashtra, que tienen sus propios programas de vigilancia del genoma. En números absolutos, Maharashtra representa una quinta parte de los genomas nacionales encuestados y Kerala aproximadamente una décima parte.
Renu Swarup, secretario del Departamento de Biotecnología, que coordina INSACOG, dijo que los números disponibles en el sitio web público no eran los últimos de junio y julio. “Estos no son los datos completos de junio o julio. Entonces, esto le brinda datos solo de las secuencias analizadas y esto no es en tiempo real. Ahora tenemos un portal en tiempo real y pronto su enlace estará disponible “, dijo. El hindú.
Un científico de uno de los laboratorios de INSACOG dijo que siempre había un retraso en el análisis de las muestras de una región, de cualquier mes, y que habría un aumento en las muestras de julio en las próximas semanas. Sin embargo, existen desafíos en el programa. La iniciativa INSACOG se planeó originalmente para tres meses, y debido a que el proyecto se ha extendido recientemente, los fondos disponibles para los laboratorios para llevar a cabo la secuenciación se retrasaron. La otra razón, dijo esta fuente, fue que muchos estados no estaban enviando muestras: “El Centro Nacional para el Control de Enfermedades ha especificado que se deben enviar al menos 300 muestras de cada estado por mes. Muy pocos Estados están cumpliendo realmente con esta directiva “.
El Ministerio de Salud dijo en el Lok Sabha la semana pasada que las pautas existentes eran secuenciar 15 muestras de cada sitio centinela cada 15 días de cada estado para que los distritos estén representados desde un punto de vista epidemiológico. Se espera que cada estado tenga 10 de estos sitios centinela, que son laboratorios notificados y hospitales de atención terciaria. “Esta es una estrategia de muestreo más diversa en comparación con una secuenciación de muestras al azar del 5%”, señaló el Ministerio.
La base de datos INSACOG cuenta con el aporte de 28 Estados y Territorios de la Unión. Por lo tanto, idealmente, debería haber 8.400 muestras al mes, que, como sugieren las cifras de junio y julio, están muy por debajo del requisito.
La variante dominante en toda la India sigue siendo la variante Delta, pero la secuenciación limitada significa que será imposible rastrear si las nuevas variantes pueden estar impulsando los aumentos repentinos. Actualmente, Kerala informa aproximadamente la mitad del número de casos diarios y se observan trayectorias crecientes en varios estados del noreste. Meghalaya, Mizoram, Assam y Tripura han contribuido cada uno con menos de 200 muestras para la secuenciación del genoma, según la base de datos INSACOG.
Aunque el mes de julio tiene el menor número de muestras, la proporción de muestras de variantes de Delta ha caído al 73% de ser más del 85% de las muestras analizadas en mayo y junio.
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