Durante los últimos tres años y múltiples oleadas de infección, el SARS-CoV-2 continúa evolucionando acumulando variaciones genéticas. Con poca frecuencia, una coinfección de múltiples linajes del virus podría dar lugar a recombinaciones entre genomas que pueden dar lugar a genomas quiméricos, también llamados recombinantes.
Si bien es posible que la mayoría de las recombinaciones no den lugar a virus viables, existe una rara posibilidad de que la recombinación resulte en la creación de un nuevo linaje del virus con mejores capacidades funcionales que cualquiera de los linajes originales. La secuenciación del genoma y la vigilancia de los virus podrían identificar de manera eficiente dichos recombinantes, ya que tendrían el complemento variante de los linajes de dos padres.
Han surgido varios linajes recombinantes de SARS-CoV-2 durante el curso de la pandemia de COVID-19. La red PANGO, un consorcio internacional de investigadores para nombrar linajes de SARS-CoV-2, tiene un sistema establecido para identificar y designar recombinantes de SARS-CoV-2. Actualmente, cerca de 100 linajes recombinantes han sido designados por la red PANGO, todos los cuales comienzan con la letra ‘X’, seguida de una letra para indicar el orden de su detección.
La Organización Mundial de la Salud designa actualmente dos linajes recombinantes de SARS-CoV-2 como “Variantes bajo control”: XBB, un recombinante de los sublinajes BA.2.10.1 y BA.2.75 de Omicron, y XBF, un recombinante de BA.5.2 .3 y BA.2.75.3 Sublinajes Omicron.
El linaje XBB.1.5, un sublinaje del XBB identificado por primera vez en la ciudad de Nueva York en octubre de 2022, actualmente está designado como Variante de interés (VOI) por la OMS. El seguimiento de los recombinantes de Omicron es importante para la detección temprana de linajes que pueden tener ventajas funcionales sobre las variantes que circulan actualmente, como una mayor transmisibilidad en poblaciones con inmunidad previa al virus.
¿Cuál es el linaje XBB.1.16 del SARS-CoV-2?
Detectado por primera vez en secuencias de SARS-CoV-2 de la India, el XBB.1.16 es un linaje recombinante del virus y es descendiente del linaje XBB. La secuencia más temprana de este linaje pertenece a un genoma viral aislado en Nueva York en enero de 2023 y se ha visto que el linaje circula predominantemente en la India.
Un número significativo de genomas de fuera de la India, como en los EE. UU. y Singapur, se han relacionado con viajes internacionales, principalmente desde la India. Hasta la fecha, la variante se ha detectado en al menos 14 países de todo el mundo.
El linaje XBB.1.16 tiene varias mutaciones en común con el VOI XBB.1.5. Mutaciones clave adicionales que incluyen E180V y T478R en la proteína Spike e I5T en ORF9b están presentes en el linaje XBB.1.16.
Por el contrario, el XBB.1.5 tiene la mutación T478K en el área de Spike. T478R está asociado con el escape inmunológico, o la capacidad del virus para evadir los anticuerpos generados por infecciones o vacunas anteriores. La mutación ORF9b I5T también se encuentra en el linaje XBB.1.9 y se cree ampliamente que otorga una ventaja de crecimiento al virus.
Los datos preliminares también sugieren que XBB.1.16 tiene una mayor ventaja de crecimiento sobre los linajes SARS-CoV-2 que circulan actualmente, incluido el linaje XBB.1.5.
¿Por qué XBB.1.16 causa preocupación en India?
En medio del aumento continuo en el número de casos de influenza estacional H3N2, se observa un aumento en los casos de COVID-19 en India en marzo de 2023, a pesar del bajo número de pruebas, ya que aumentó el número total de casos activos de COVID-19 en todo el país. a más de 6.000.
Se cree que el linaje XBB.1.16 de rápida propagación es responsable del reciente aumento en los casos de COVID-19 en India.
Aunque los datos de la vigilancia genómica sistemática en India son limitados, XBB.1.16 representa hoy más del 30 % de todos los genomas secuenciados en marzo de 2023, y se ha visto que su proporción ha aumentado en las últimas semanas, hasta convertirse en el principal linaje. en algunos estados.
Hasta la fecha, el linaje se ha encontrado en muestras de Telangana, Maharashtra, Karnataka, Gujarat, Delhi, Puducherry, Haryana, Himachal Pradesh y Odisha. Los estados de Telangana, Karnataka, Gujarat y Maharashtra informaron el mayor número de casos XBB.1.16, pero con la advertencia de que esto podría estar sesgado ya que no todos los estados secuencian las muestras de manera proactiva.
Los primeros genomas de XBB.1.16 disponibles en la India y depositados en GISAID, una base de datos global para secuencias de patógenos, datan de principios de febrero de 2023, de Karnataka y Maharashtra.
Con base en datos preliminares, no hay evidencia que sugiera que las infecciones con el linaje XBB.1.16 difieren en la gravedad clínica de las causadas por otros linajes de Omicron, aunque la mayor ventaja de crecimiento también posiblemente el mayor escape inmunológico podría conducir a un mayor riesgo de reinfección. con XBB.1.16 en comparación con otros linajes Omicron circulantes.
Por lo tanto, proteger a los vulnerables a través de medios probados en el tiempo podría mitigar significativamente el aumento de infecciones. Por lo tanto, será crucial monitorear la prevalencia de XBB.1.16 y los correlatos clínicos en los próximos días si los casos continúan aumentando.
En resumen
La vigilancia genómica del SARS-CoV-2 ha demostrado una y otra vez que es esencial para la detección temprana y el seguimiento de nuevos linajes virales, incluidos los recombinantes. Aunque la vacunación y la inmunidad híbrida contra la enfermedad siguen siendo efectivas para proteger contra los síntomas graves de COVID-19, se necesita más investigación para determinar el impacto de los linajes en evolución sobre cómo progresa la pandemia.
A medida que las personas continúan infectándose y continúan surgiendo nuevos linajes del virus, las medidas preventivas comprobadas, como usar máscaras y vacunarse, si no recibió las dosis programadas, son más importantes que nunca, ya que la pandemia de COVID-19 es lejos de terminar.
Bani Jolly y Vinod Scaria son investigadores del Instituto CSIR de Genómica y Biología Integrativa en Delhi. Todas las opiniones expresadas son personales.