Una nueva prueba hereditaria puede determinar si un gen que elimina el cáncer se heredó del padre o la madre de un paciente sin necesidad de ADN parental, lo que podría mejorar la detección y el control de la enfermedad.
Dr. Peter Lansdorp
“La presencia de huellas parentales en regiones del genoma se conoce desde hace mucho tiempo”, dijo el autor del estudio Peter Lansdorp, MD, PhD, del Centro de Investigación del Cáncer BC en Vancouver, Canadá. Noticias médicas de Medscape. Además, la capacidad de una tecnología de secuenciación específica (Strand-seq) para generar un conjunto de variantes de ADN que tienden a heredarse juntas de un solo padre se ha documentado en varios estudios.
“Que estas dos piezas se puedan juntar para asignar alelos en un paciente a uno de los padres sin estudiar el ADN de los padres es un gran avance”, dijo Lansdorp.
Dr. Steven JM Jones
El autor principal, Steven JM Jones, PhD, director asociado de bioinformática en el Centro de Investigación del Cáncer de BC, explicó: “Para dirigir las pruebas genéticas en cascada, la prueba podría usarse casi de inmediato, incluso como una prueba de investigación. Simplemente guía a qué lado de la familia enfoca los esfuerzos de las pruebas genéticas familiares en la variante del paciente y se valida internamente y luego se confirma mediante pruebas clínicas en la familia”.
Dirigir las pruebas genéticas en cascada a un lado de la familia sobre el otro podría acelerar el tiempo de diagnóstico de más portadores y permitir un uso más eficiente de los recursos de asesoramiento genético, agregó Jones, especialmente cuando los padres fallecieron o no están disponibles.
El estudio fue publicado en línea el 21 de diciembre en Genómica celular.
Tasa de error baja
Determinar un padre de origen (PofO) para las variantes hereditarias “es esencial para evaluar el riesgo de enfermedad cuando una variante patógena tiene efectos PofO, es decir, cuando el riesgo de enfermedad de un paciente depende de qué padre se hereda”, escriben los autores. Un ejemplo es el síndrome de paraganglioma-feocromocitoma hereditario como resultado de variantes patogénicas en SDHD o SDHAF2 genes. Las personas con las variantes tienen un alto riesgo de desarrollar ciertos tipos de cáncer, pero solo si heredan un gen defectuoso de su padre. Si se hereda de su madre, no hay mayor riesgo.
El nuevo método se basa en una técnica llamada “metilación del ADN en fases” en los loci de genes impresos por la madre y el padre, así como en la fase de la longitud de los cromosomas de las secuencias de ADN.
El equipo utilizó cinco “tríos” del genoma humano: dos padres y el probando (la primera persona de una familia que recibe pruebas genéticas o asesoramiento por un riesgo hereditario sospechoso), para pilotear el enfoque. Demostraron que el método puede identificar correctamente el PofO con una tasa de error de desajuste promedio del 0,31 % para variantes de un solo nucleótido y del 1,89 % para inserciones o deleciones (indels).
“Tendremos que validar esta tecnología para diferentes genes en muestras del mundo real de personas de diversos orígenes”, dijo Jones. El primer paso es validar la tecnología en escenarios con utilidad clínica inmediata, como con disco duro, donde el manejo médico de por vida se ve afectado por el conocimiento de si la variante fue heredada de la madre o el padre.
“También nos gustaría validar esto rápidamente para genes comunes de cáncer hereditario, como BRCA1, brca2, y los genes asociados al síndrome de Lynch, donde la predicción de PofO puede mejorar las bajas tasas de pruebas genéticas en los miembros de la familia al proporcionar estimaciones más precisas de su riesgo de portar la variante familiar”.
Los desafíos para trasladar la prueba a la clínica, dijo Jones, incluyen ampliar la tecnología, demostrar la utilidad clínica y económica en comparación con los enfoques de prueba existentes, “y familiarizar a los médicos con un nuevo tipo de prueba que brindará de forma rutinaria esta dimensión adicional de información”.
“Tecnología tremendamente prometedora”
Dr. Stephen Yip
El patólogo Stephen Yip, MD, PhD, del Instituto de Investigación de Salud Costera de Vancouver en Canadá, comentó sobre el estudio para Medscape. Yip no participó en el estudio, pero reveló que colabora con los autores en otros proyectos financiados por subvenciones.
“Esta es una tecnología tremendamente prometedora que tiene implicaciones prácticas inmediatas en la investigación de PofO de un locus patógeno, particularmente cuando el material genético está disponible solo del probando”, dijo.
Sin embargo, “se necesita una validación rigurosa contra el estándar de oro actual de secuenciación de tríos de próxima generación y lectura corta antes del despliegue clínico”, dijo. “Esto requerirá tiempo y esfuerzo. Sin embargo, la promesa de esta tecnología vale la pena.
“Además, existe la posibilidad de descubrir una nueva genética durante las pruebas, lo que podría presentar un dilema ético”, anotó. “Un marco ético y de consentimiento sólido y la participación temprana de un especialista en ética serían útiles”.
La investigación en el laboratorio de Lansdorp está financiada por el Instituto de Investigación Terry Fox, los Institutos Canadienses de Investigación en Salud, la Fundación Canadiense para la Innovación y el gobierno de la Columbia Británica. Lansdorp, Jones y Yip informan que no tienen ningún conflicto de interés económico pertinente.
Genómica Celular. Publicado en línea el 21 de diciembre de 2022. Texto completo
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